人物配置
＊主に位置的なことを、ゲームの進行と絡めて説明。個々のキャラクターについてはせりふ集へ、異形の説明は異形リストへ＊外 界
固定。取説に地図がある。
物の者、角女、袋の物、首の者、カンオケ男、バロック屋、警備天使、上級天使映像
意識シミュレーションからクリア後まで、配置は変わらない。角女、袋の物、首の者は浄化することができるため、人間の形はなくなってしまうが、イデアセフィロスは存在し続ける（取り去られても塔から戻ると復活する）。
神経塔地下1階
兄弟の幻影が出現する。幻影のいる部屋にはいると、イベントが自動的に生起。第1ステージと第2ステージ途中まで、各種あるが、ゲームの進行とは関係ない。
神経塔地下2階
おおむね北側の壁の向こうに隠し部屋があり、イライザがいる（第1ステージでは霊体、第2ステージ（B）以後は実体）。天井部に感覚球が2つある。方向を定めてうまく投げ入れること。骨は投入に失敗すると落ちて砕けるので注意。（意識シミュレーションにはこの部屋はない）また、ゲーム後半になると、作業天使（少年）が出現し、徐々に上に昇ってくるが、最終的に、この階の隠し部屋に出現する。
神経塔地下3階
呪葬天使、ウリムとトンミムがいる。ウリムとトンミムは徐々に埋まっていくが、位置は変わらない。電熱機の切り替えスイッチがあり、ここでスイッチをオンにすると下の階の氷が溶けて、板壁の階となる。
神経塔地下4階
意識シミュレーションではここに天導天使がいる。そして意識シミュレーションはこの階で終わり。通常は水の上に浮かぶアリスがいる。アリスのいる部屋は最大の部屋で、隣にやはり最大の部屋があるという配置になっている。アリスの頭上に感覚球が一つ。水に映る影にアイテムを投げつけてどれほど無駄にしたことか……。アリスはこの水を通って（ではないかと思われるのだが）ほかの階にも出没する。ここのアリスを避けても物語は進む。アリスは全ステージを通じてここにいて、クリア後もしばらくすると現れるのはここである。しかしここでは触れることはできない。アリスはイライザよりもある種遠い存在である。
神経塔地下5階
呪装天使がいる。ほかには特に何もない階。
神経塔地下6階
ゲーム後半になると、作業天使（少年）が出現する。
神経塔地下7階
箱の者、心読みの者がいる。全ステージを通じて変わらない。部屋の付属品であるもようで、出たり出なかったりする。箱の者も、浄化された後にはイデアセフィロスが出現するようになっている。
神経塔地下8階
最北部にコリエルが幽閉されている。ここでコリエルを浄化できる。ゲームの進行とは関わらないのでスルーできる。隠し部屋。作業天使（少年）が出現する。
神経塔地下9階
感覚球がある。ほかには特に何もない階。
神経塔地下10階
殺戮天使（拳）がいる。全ステージを通じて変わらない。ゲームの進行とは何の関係もない。
神経塔地下11階
最北部にコリエルが幽閉されている。隠し部屋に作業天使（少年）が出現する。
神経塔地下12階
天導天使がいる。全ステージを通じて変わらない。北側の部屋で、しばしば最北にいるが、北西であることも多い。すぐそばの部屋に感覚球がある。天導天使はゲームを進める上では重要なキャラクターなので、避けて通れない。【罪の告白】以後は、天導天使の後ろの感覚球も開放される。
神経塔地下13階
最北部にコリエルが幽閉されている。
神経塔地下14階
第1ステージでは大きな部屋のプール状の場所の上にアリスがいて、近寄ることができ、さわれる。斬ったり殴ったりできるのはこのアリスと、リトルの結晶入手後の、28階のアリスだけ。このアリスは、自分の結晶を手に入れると、そばに近寄れなくなる。またリトルの結晶入手後はいなくなる。このアリスもゲームの進行には関わらない。また、コリエルが最北部にいる。ゲーム後半になると、作業天使（少年）が出現する。
神経塔地下15階
第1ステージではイライザの実体がいる。自分の結晶を渡すと、ここに感覚球を作りだして、イライザは消え、第2ステージ（A）が始まる。イライザはその後地下2階に実体として出現する。イライザがいるのはやはり北側の隠し部屋である。最北にいることも多いが、ずっと南側で枝道から北のどん詰まりにいることも多い（つまりその部屋の北には部屋はないが、全体から見ると真ん中辺だったりする）。隠し部屋に作業天使（少年）が出現する。
神経塔地下16階
第1ステージでは中級天使、上級天使の実体がいる。ここから創造維持のいる場所に行ける。第2ステージ以後は感覚球1つと呪装天使のいる普通の階層になる。
神経塔地下17階
第2ステージ以後に新しく開ける階。特に何もない。
神経塔地下18階
研究天使（脳髄）がいる。最北、最南など端にいることが多い。謎めいたオブジェがあるので、研究の核心部と分かる。研究天使もゲームの進行には関わらない。
神経塔地下19階
殺戮天使（長刀）がいる。ゲームの進行には関わらない。
神経塔地下20階
天使虫リトルの培養室がある階。ここを避けてはゲームは進行しない。培養室の扉を開けてリトルを浄化・開放しない限り、先には進めず、新たな階層も展開しない。リトルをスルーすると、22階でダンジョンが終わる。リトルの開放には関係なく、感覚球が1つある。またこの階の最も大きな部屋には作業天使（少年）が出現する。ここから徐々に階層を昇っていく。
神経塔地下21階
特に何もない階。
神経塔地下22階
第2ステージ（A）では中級天使・上級天使がいる。ここから創造維持神のいるところに行ける。ここで融合すると、半分はクリアということで、大団円風のイベント【痛みを知らぬ者】が起きる。リトルを浄化して第2ステージ（B）になると、ここは感覚球が1つある普通の階になる。
神経塔地下23階
第2ステージ（B）以降に開ける階。特に何もない。
神経塔地下24階
特に何もない階。
神経塔地下25階
呪装天使が出現するが、ほかには特に何もない階。
神経塔地下26階
感覚球が1つあるが、ほかには特に何もない階。
神経塔地下27階
呪装天使が出現する。オールクリア後、何周かすると、ここに小アルカナのいる隠し部屋が出現する。
神経塔地下28階
アリスが出現する。アリスは東か西のどん詰まりにいることが多い。アリスにリトルのイデアセフィロスを所望されるが、無視すると、30階で終わる。渡せば第2ステージ（C）となり、最後の展開が待っている。結晶を渡すと、アリスは消え、その後ろにあった感覚球が開放される。
神経塔地下29階
特に何もない階。
神経塔地下30階
第2ステージ（B）では中級天使・上級天使がいる。ここから創造維持神のいるところに行ける。ここでの融合はやはり【痛みを知らぬ者】。アリスにリトルの結晶を渡して第2ステージ（C）になると、ここは感覚球が1つある普通の階になる。
神経塔地下31階
第2ステージ（C）以降に開かれる階。感覚球が1つあるが、ほかには特に何もない階。しかし感覚球も出たりでなかったりする。
神経塔地下32〜34階
特に何もない階。
神経塔地下35階
呪装天使が出現し、感覚球が1つある。
神経塔地下36階
特に何もない階。
神経塔地下37階
オールクリア後、何周かすると、ここに小アルカナのいる隠し部屋が出現する。
神経塔地下38階
感覚球が1つあるほかは何もない階。
神経塔地下39階
最終的に中級天使・上級天使がいる階。ここから創造維持神のいるところに行ける。ここで大団円。クリア後も上級天使等は居続ける。クリア後、何周かは創造維持神が復活しないが、やがて復活する。
神経塔地下40階
復活した創造維持神に頼まれてリトルの結晶を持っていくと、小アルカナの小部屋がある40階が出現する。39階で剣もコートも投げ返していて無防備だと、確実に死ぬ。